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NVIDIA 开放 BioNeMo 推动全球生物制药及科学产业的数字生物学规模化发展

本文作者:NVIDIA       点击: 2024-11-19 12:31
前言:
阿贡国家实验室、Flagship Pioneering、Terray、Weights & Biases 等数十个组织推动生物分子科学进步
 
2024年11月18日--NVIDIA 今日宣布全球制药及技术生物产业领导者、学术先锋及人工智能(AI)研究人员正采用开源的 NVIDIA® BioNeMo™ 框架,推动药物探索并加速分子设计。

研究人员需要专门的生物分子模型和数据集,从而以大规模方式获得见解,加速治疗药物的设计。开源的 BioNeMo 框架提供一系列加速运算工具,旨在指数级扩展 AI 模型以支持生物分子研究,为生物制药领域带来崭新的超级运算能力。

NVIDIA 医疗保健副总裁 Kimberly Powell 表示:「AI、加速运算与数据集的扩展交汇,为制药业带来了前所未有的机遇,这在近期的诺贝尔化学奖获奖成果中得到了印证。为了解开生物系统的复杂性,我们推出了开源的 BioNeMo 框架,这将使世界各地的研究人员能够加速开发挽救生命的治疗方法。」

多家领先的生物科技公司、科技生物研究人员,以及 AI 平台公司和组织,已经或即将对这一开源框架作出贡献,其中包括 A Alpha Bio、美国阿贡国家实验室(Argonne National Laboratory)、Dyno Therapeutics、罗氏集团(Roche Group)旗下的 Genentech 、Ginkgo Bioworks、Relation、VantAI 以及 Weights & Biases。致力于推进运算科学的主要研究领导者也使用 BioNeMo 框架推动创新。

阿贡国家实验室运算科学小组领导人 Arvind Ramanathan 表示:「阿贡国家实验室贡献了数十亿参数的生物模型,这些模型需要专门的软件才能在高效能运算环境中进行训练。借助 BioNeMo,阿贡国家实验室和更广泛的生物科技社群获得了一个企业级的开源解决方案,使研究人员能够轻松扩展大型生物基础模型的训练,这些实验室本来无法获得进行此类训练所需的运算专业知识。」

推出下一代 BioNeMo 平台
端对端 NVIDIA BioNeMo 平台旨在加速药物探索和分子设计的 AI 模型创建、客制化和部署。它与加速运算基础设施无缝整合,可降低成本、扩大规模并加快药物探索工作流程,从而从生物分子数据中提供快速、可靠的见解。

除了BioNeMo 框架之外,该平台还支持用于安全、可扩展AI 推论的优化微服务NVIDIA NIM™ 和NVIDIA BioNeMo 蓝图,这是针对湿实验室和运算工作流程的优化参考设计。

NVIDIA 也宣布了一系列针对 BioNeMo 的优化且易于使用的新 NIM 微服务。微服务可以快速轻松地部署在本地或任何数据中心或云端。这为开发人员提供了在各种环境中运行应用的灵活性,并减少了生物药物探索研究从推论到洞察的时间。

新推出的 NIM 微服务支持业界领先的模型,包括:
AlphaFold2 是由 Google DeepMind 开发的深度学习模型,旨在改变蛋白质结构预测。研究人员使用 BioNeMo 的 AlphaFold2 NIM 微服务时,在近即及时预测蛋白质结构时实现了 5 倍的速度提升。
DiffDock 2.0是基于麻省理工学院的研究,并在最高标准 PLINDER 数据集上进行训练。透过 DiffDock 2.0 NIM 微服务,研究人员能够将分子方向预测速度提高 6.2 倍,准确率提高 16%。
RFdiffusion 和 ProteinMPNN NIM 微服务有助于加快设计与目标分子结合的新型蛋白质的过程,并能够创建新的蛋白质疗法。

BioNeMo 现在包括新的加速函式库,像是 cuEquivariance,可加速 DiffDock 化学预测所必需的数学运算。

企业可以使用 NVIDIA BioNeMo 蓝图,这是一个可客制化的参考 AI 工作流程目录,协助开发人员将其 AI 部署扩展为企业级的生产管道。

用于虚拟筛选的 BioNeMo蓝图提供了可客制化、易于遵循的工作流程,可使用 NIM 微服务更快设计小分子,同时节省时间和成本。

超过 200 家科技生物、大型制药和新创使用者已经将 BioNeMo 整合到他们的计算机辅助药物探索平台和工作流程中。

全球系统整合商、软件供货商和云端服务供货商 Accenture、AWS 和 Deloitte 正在为全球企业带来 NVIDIA BioNeMo 蓝图。

关于NVIDIA(辉达)
NVIDIA(辉达)为加速运算领域的先驱。

NVIDIA前瞻性声明
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